Nama Pajarakan diambil dari kata JARAK yang artinya dihadang, nama tersebut tidak lepas dari sejarah kerajaan Majapahit dimana salah satu abdi dalem yang bernama Damarwulan diutus ke Blambangan Banyuwangi untuk membunuh Minakjinggo, setelah Damarwulan berhasil membunuh Minankjinggo diperjalanan, Damarwulan di jarak atau dihadang oleh Layang Seto dan Layang Kumitir putra dari patih Logender untuk merampas kepala Minakjinggo. Dengan kejadian tersebut wilayah ini disebut Jarak (hadang) dan dengan perkembangan jaman akhirnya nama Jarak berubah menjadi nama Pajarakan yang dipergunakan sampai sekarang. Menurut cerita yang berkembang di masyarakat, penduduk yang pertama kali bermukim di Desa Pajarakan Kulon (babat alas) adalah “ BUYUT WALIDJAH “ beserta sanak keluarga dan handai taulannya. Tidak jelas berapa kepala keluarga pada waktu itu kira-kira pada tahun 1850, dan akhirnya berkembang sampai sekarang.